Phytoplanctonisation

Hier, lourde journée sous un soleil de plomb.

Objectif: être à 14h à Lille au départ de Rennes.

7.20 Merde, me suis rendormi, ça craint suis à la bourre

7.25 Douche intense pour réveil obligatoire

7.40 Café

7.45 Dernières préparations: check-list, sacs, arrosage de plantes, nourrissage des poissons, récupérations du chat (5 minutes)...

8.23 Démarrage enfin du moteur (erff faut mettre du gas-oil).

10.00 environ - Arrivée périph de Caen. No problems, ça roule tranquille.

11.00 environ - Arrivée Rouen. RAS.

12.00 Arrêt au domicile familial en Picardie pour déposer le chat! Etape relai indispensable. 410 km au compteur. Pause café+ sandwich en speed.

12.35 Départ pour Lille!!! 170km en 1h25. Tendu mais faisable si tout va bien.

13.00 Franchissement d'Abbeville - Accident sur l'autoroute (c'est ma veine, toujours quand t'es à la bourre!) 

14.00 Hauteurs d'Arras - Re-accident. Bon là je m'arrête pour prévenir que je vais être en retard (excuse Môsieur mais c'est pas de ma faute! Les gens sur la route ne font que se planter devant moi pour me retarder!)

14.25 Arrêt et stationnement devant le lieu du rendez-vous. Enfilage de chemise en 5 secondes chrono et c'est parti!

18.32 Sortie de l'entretien (les bougres, 4 plombes ils m'ont gardé!!!). Quatre entretiens de suite (l'équipe, le chef, le grand-chef et la DRH à tour de rôle), c'est pas de l'abus ça!!! Sans même me proposer un verre d'eau en plus!

20.35 Retour au domicile parental pour repos du guerrier. 

Verdict: Eux intéressés, moi moyennement. Affaire à suivre... quand ils auront fini d'auditionner.

Bilan de la journée: 8h de voiture, 750 km environ au compteur, 12h assis sans boire quasiment :s 

"Dis-moi comment tu brilles et je te dirai combien tu es...

Une technique de plus en plus utilisée pour quantifier le nombre d'algues présentes dans l'eau se fait au moyen d'une sonde à fluorescence submersible ou fluorimètre. Il en existe plusieurs sortes selon les molécules qui nous intéressent: chlorophylle, matière organique, hydrocarbures (eh oui!) ou encore phycocyanine. Cette dernière molécule me concerne au même titre que la chlorophylle mais avec un intérêt autre. La mesure de la fluorescence de la chlorophylle permet d'avoir une idée de la biomasse algale présente dans l'eau (toutes algues confondues possédant ce pigment, sans discrimination: vertes, bleues, jaune... au choix). L'intérêt de la phycocyanine permet justement de ne s'intéresser qu'à un seul de ces groupes: les Cyanobactéries.

Les Cyanobactéries sont les seules à synthétiser ce pigment qui, tout comme la chlorophylle, leur permet de capter l'énergie lumineuse nécessaire à l'incorporation du carbone dans les tissus (photosynthèse). Donc, en mesurant le signal de fluorescence émis par cette molécule dans l'eau, nous sommes en mesure grosso modo de quantifier la quantité de cellules cyanobactériennes présentes. Oui, j'ai dit grosso modo car tout ne fonctionne pas si simplement que ça, y'a toujours un hic... c'est pour cela que cette méthode est sur la bonne voie mais reste en cours de validation.

Principe de la fluorescence:

La fluorescence est un phénomène physique dans lequel une molécule absorbe de l'énergie provenant d'une source lumineuse (laser ou lampe UV). La molécule passe alors d'un état fondamental stable à un état excité avec un changement d'orbitale des électrons (qué ki dit?). En gros, les électrons qui gravitent comme des satellites autour d'un atome à différentes hauteurs gagnent de l'altitude, une couche supérieure.

Cet état d'excitation a une durée de vie très courte (comme tout état d'excitation vous me direz), de l'ordre de la nanoseconde (milliardième de seconde, qui à l'échelle d'un atome peut paraître très long!!!). Cet apport d'énergie à la molécule provoque des changements de conformation et de liaison. Une partie de cette énergie est alors dissipée. Le retour à un état stable (=retour des électrons dans leur couche respective, fini le 7e ciel) se fait avec libération d'un photon d'énergie inférieure donc de longueur d'onde supérieure (hein? vous n'avez pas suivi? C'est pas grave, c'est comme cela que ça se passe) à celle qui a été absorbée initialement.

Bref, dans le cas de la phycocyanine, après excitation à 620 nm (longueur d’onde d’excitation), on récupère la lumière émise par la molécule à 655 nm (longueur d’onde d’émission) et ensuite la machine calcule pour nous, c’est magique nan ?

Tout ça pour dire que les biologistes ne font pas que de la biologie mais aussi des mathématiques, de la physique et de la chimie. Nan, en fait la vraie finalité de cette note était juste savoir si toi aussi tu fluoresces lorsque tu es…

…excité ! "

J'ai enfin réussi à pondre cette satanée AFC!!! Pas facile comme truc, surtout quand on te balance un logiciel ("R" pour ceux qui connaissent) dans les mains que tu n'as jamais utilisé en te disant: "Vas-y! C'est facile à utiliser et les graphiques sont jolis!"

Primo: Pas si facile à prendre en main quand tu ne connais pas les commandes à taper. La difficulté première consiste à faire ingurgiter à la bête ton jeu de données. Cela peut paraître enfantin à première vue mais ça se transforme vite en cauchemar lorsque tu te fais refouler sans cesse par le logiciel qui te répète inlassablement des messages d'erreur...
Une règle primaire et simple en stats que t'apprends vite à tes dépens = Pas de données, pas de résultats!!! Eh oui, il fallait s'en douter.

Deuxio: Une fois le problème d'acquisition de données résolu, que fais-je? Il est où le bouton d'Analyses Factorielles? Nada. On tape quoi comme commande? Pas la moindre idée. Solution ultime par défaut: se plonger dans le pavé qui sert de manuel... Soudain, une idée lumineuse!!! Si, si! Cool, Bombastus est sur MSN.
- "Dis donc mon gars, tu connaîtrais pas le logiciel de stats R par hasard?
- Si! Pourquoi? (hallelujah!)
- C'est quoi les commandes pour faire une AFC?
- Faut d'abord télécharger un module dans Library pour les AFC sinon ca marche pô!!!
- Oki, je risquai pô d'y arriver alors! .... Ca y est, c'est fait!
- Ensuite tu fais ci..., tu fais ça...!!!
- Stop! Attends, je t'envoie mon fichier (héhé).

...... Retour de fichier avec les commandes à utiliser.

- Merci mon gars! Je vais regarder ça tout de suite.
- Ben de rien!"

Bon, j'ai un peu écourté l'histoire mais en gros cela s'est passé comme ça. Une chose à retenir: c'est toujours bienvenu d'avoir des amis matheux dans son entourage même si on ne comprend pas toujours ce qu'ils racontent! Le principal est qu'ils adaptent leurs discours à mon pauvre cerveau de biologiste "équa-phobe".

Tertio: Une fois l'AFC pondue, un problème majeur surgit devant tes yeux ébahis ainsi que la question inéluctable: "Qu'est-ce que cela veut bien vouloir dire? Comment interprèter la chose?" Après quelques instants de réflexion intense: "Ben, je crois que c'est ça!". Admirez le travail.
Bon, okay d'accord! Y'a plein d'étiquettes partout! Je vous avez dit qu'il fallait un oeil d'expert pour déchiffrer! (joke).

Maintenant que j'ai trouvé à quoi, enfin presque, correspondaient mes axes, je vais pouvoir aller voir fièrement Maître Yvan et lui dire: "Ca y est chef! J'ai réussi à maîtriser le logiciel en 2 jours!" (Il est fier, gamin!)

Je suis dégouté, je suis reparti du labo en laissant mes échantillons sur la plaque chauffante... Quand on n'a pas de tête, on a des jambes, en l'occurence une voiture! Donc j'ai été quitte pour un aller-retour sans détour. La science n'attend pas!
Ca me rappelle Manuela la râleuse qui disait: " Je sers la science et c'est ma joie!". Et ben moi, elle m'a foutu mon weekend en l'air la science...
Du coup je vais aller boire une bière en ville, moi, histoire d'avoir un peu de distraction et de voir du monde.

Décidemment, le dosage d'ammonium ne me réussit pas! J'obtiens toujours des résultats foireux. Je suis d'accord que c'est assez délicat à doser mais j'aimerai bien qu'une fois cela soit cohérent et non pas avoir des valeurs chaotiques!!!
En fait, je me console en me disant que je suis écologue et non chimiste de formation! Heureusement qu'il y a des comptages cellulaires d'algues, lesquels je suis sûr de maîtriser!
Au fait Ronan, c'est pas pour nous envoyer des fleurs mais d'après le grand Luc que je cite: "Sur le marché, en France, il n'y a que deux personnes disponibles: Ronan et toi." Ca fait plaisir d'entendre que l'on est presque unique... et toi qui pense à t"exiler. C'est déjà assez difficile de former des phytoplanctonologistes en France, tu ne vas pas te barrer enfin! D'autant plus que tu as une double compétence (marine et eau douce) que je n'ai pas: j'aime pas le sel môa, je plasmolyse sinon...

Puté con, je viens de passer plus de deux plombes à acidifier et à peser mes échantillons de flotte! C'est pas humain de rester en tête à tête avec une balance sensible au cent millième de gramme! Dès que tu expires, ta marge d'erreur varie d'un facteur 100. De plus, je crois que j'ai foiré ma dilution d'acide nitrique. Enfin, on verra bien...
Du coup, je ne viendrai pas demain! Je viens déjà le weekend alors les jours fériés NON! Je mériterai même de faire le pont mais je crois que mes résultats risquent de na pas être prodigieux si je m'absente trop longtemps! Ils ne peuvent pas se passer de moi...

Samedi matin, temps ensoleillé et manip' en cours à terminer. c'est pas humain d'être enfermé dans un labo alors que pour une fois il fait beau le weekend. Je crois que je ne vais pas traîner, je vais faire ce qu'il y a à faire et hop basta! Y'a même pas quelqu'un avec qui parler, heureusement qu'il y a la radio!!!

Dublin 98 fm, the sound of the city!

Je mets au défi quiconque de faire des dosages de sels nutritifs avec BLR "plus lourd tu meurs" à ses côtés. Pour une fois qu'il manipe, il faut que ça tombe sur ma poire. Il m'a tellement saoûlé que je n'ai pas arrêté de faire des conneries. Comment se concentrer quand il n'arrête pas de débiter et de philosopher sur des sujets futiles qui n'intéressent personne!
La cerise sur le gâteau, c'est quand il m'a demandé de lui expliquer comment fonctionnait le spectromètre. Je me suis dit: "Il se fout de ma gueule ou quoi???", c'est lui le prof' et se servir d'un spectro ne demande pas une formation bac+10... enfin bref, je me le suis coltiné pendant plus d'une heure, du coup j'ai complètement oublié de faire mon dosage de nitrates!

Le pire de tout est quand il m'a piqué mes filtres GF/F pour faire ses filtrations de chlorophylle et me lance: "Ah! les filtres GF/F sont plus épais que les GF/C, c'est impressionnant la différence!". Comme s'il ne le savait pas! "Allez, je te les donne maintenant que tu les as utilisé mais tais-toi! J'ai cru que j'allais le flinguer sur place, mes filtres à 10 balles pièce: en plus d'être épais ils sont aussi très chers... my precious. C'est surtout quand je vais demander au chef de recommander des GF/F à 140€ la boîte qu'il va bondir. Je l'entends déjà: "T'en as pas eu assez?" Normalement si, mais c'était pas prévu que BLR tape dedans sans demander! D'autant plus que ce n'est pas du matériel américain mais made in England, j'espère que sa manip' va foirer, tiens. Cela me ferait bien rire s'il ratait son dosage de chlorophylle bien que pour rater ça, il faut vraiment qu'il y mette du sien! Allez Bertrand...

Décidément la chimie et moi ça fait trois!!
Mes dosages d'ammonium et d'orthophosphates ont foiru. J'obtiens des résultats bizarres sur mon profil de colonne d'eau avec des pics de concentrations à 10-15 mètres. Etrange!
Encore un mystère qu'il va falloir élucider. Comme si que je n'avais que ça à faire. Je soupçonne toutefois des pratiques étranges élaborées par la CGE. Me cachent-ils quelque chose ces messieurs qui m'observent au travers de leurs caméras. C'est le nouveau reality show "Lake Story".... Deviendrais pas un peu parano moi?
Enfin ceci n'explique pas pourquoi j'observe des pics à certaines profondeurs et ensuite plus rien!
Vous êtes entré dans la quatrième dimension. Tududu du tududu du...

Dernier jour de repos au labo avant que tous ceux partis en vacance ne reviennent... Dommage c'était reposant et personne ne se bouscule pour maniper, se battre pour le spectro, touche pas à la pipette j'en ai besoin! Fini tout ça! Dès lundi, retour dans la jungle... Tiens ça me fait penser à une chanson des Guns n' Roses "Welcome to the jungle", c'est foutu maintenant je vais l'avoir dans la tête toute la journée.
M'enfin pas grave! C'est toujours mieux que "Tri Martelod". A en déplaire aux bretonisants....Grut!